Nevoi de informatică pentru screening: Prima parte

Înainte de anii 1980, marea majoritate a descoperirii de medicamente se efectua pe țesuturi, celule sau organisme vii, unde testele urmăreau modul în care compușii afectau fenotipul. De atunci, industria a adoptat abordări bazate pe obiective in vitro, valorificând progresele înregistrate în platformele de laborator de mare capacitate pentru a examina biblioteci vaste de compuși în raport cu o proteină țintă. Dar ce impact are această creștere semnificativă de scară asupra cercetătorilor de astăzi?

Adoptarea acestor teste foarte scalabile bazate pe obiective a condus la o creștere uriașă a randamentului compușilor testați și a sprijinit creșterea dimensiunii bibliotecilor de compuși în cadrul industriei. Cu toate acestea, indiciile descoperite prin această abordare au suferit de rate ridicate de uzură, iar unii se întreabă acum dacă adoptarea unei abordări bazate exclusiv pe țintă a dus la scăderea numărului de medicamente care ajung pe piață.

În trecut, testele fenotipice au fost dificil de extins. Deseori, interpretarea și rafinarea rezultatelor acestor teste pentru a stimula dezvoltarea de medicamente a fost lentă sau extrem de dificilă, din cauza lipsei de înțelegere a țintei sau a țintelor cu care se interacționează.

În prezent, testele fenotipice pot fi extinse din ce în ce mai mult, iar costurile și timpul necesar pentru efectuarea acestor teste sunt în scădere. Pentru a interpreta modul în care a apărut efectul și asupra cărei ținte, datele din aceste teste sunt reunite cu datele din spațiul omic.

Un exemplu al acestei analize fenotipice cu randament din ce în ce mai mare este screening cu conținut ridicat (HCS). Acesta este un test de imagistică care măsoară efectul fenotipic asupra celulelor la introducerea unei substanțe farmacologice.

Analiza acestor teste cu ajutorul software-ului de imagistică este o parte a soluției, dar aceste teste generează date extrem de complexe care trebuie analizate și stocate. De asemenea, acestea trebuie să fie legate de imaginea originală a celulelor.

Gestionarea acestor date este unul dintre cele mai importante aspecte ale testelor fenotipice. Aceste teste au nevoie de un sistem informatic capabil să capteze, să interpreteze și să prezinte datele normalizate, precum și imaginile, în mod simplu pentru un utilizator final. În plus, pentru a obține o valoare reală, rezultatele acestor teste trebuie să fie interpretate împreună cu date provenite din alte analize sau de către alte echipe de informatică. Acest lucru necesită o soluție care poate stoca rezultatele într-un format structurat și ușor accesibil, permițând organizațiilor să găsească, să interpreteze și să rafineze în continuare aceste rezultate.

Urmăriți a doua mea postare de săptămâna viitoare, care se referă la domeniile cheie de luat în considerare în ceea ce privește tehnologia de gestionare a datelor HCS în laborator.